目前的研究生

• 博士班    王淑芬
• 碩士班    歐俊男；吳嘉森；鐘啟豪、黃裕文；周季蔚、古珮臻；黃凱群

已畢業博士班學生

• 吳展碩    (2009/06)
  結構限制下的序列比對：模型、技術與應用
  Structural-Constrained Sequence Comparison: Models, Techniques and Applications

已畢業碩士班學生

• 李昶宏    (2004/06)
  利用序列比對演算法辨識抄襲之C程式作業
  Cheating catcher : Using Sequence Alignment Algorithms to Identify Homologous C Programs

• 吳展碩    (2005/06)
  樹狀字串索引結構的資料結構與實作
   Data Structures for Representing Suffix Trees
  　
• 吳明峰    (2005/06)
  使用同源性模擬法預測蛋白質三級結構之整合系統
  An Integrated System to Predict Protein Tertiary Structures by Homology Modeling
  　
• 戴光慶    (2005/06)
  Inferring Phylogenies Using Improved Short Quartet Method
  利用改進之短雙叉樹演算法做系譜推演
  　
• 吳政憲    (2006/06)
  區塊編碼與相似度比對於基因預測之比較與應用
  A Comparison of Gene Recognition Methods from Similarity-based and Communication-based Approaches
  　
• 林知瑩    (2007/06)
  由顯隱性之差異推論系譜網絡
  Inferring Phylogenetic Networks from Diploid Data
  　

• 羅培瑜    (2007/08)
  雙倍體生物單體型之推演 : 以距離關係系譜樹為基礎
  Haplotype inference by the distance-based phylogeny
  　

• 方格煒    (2008/06)
  以嶄新的摘要樹進行RNA二級結構比對
  RNA Secondary Structures Comparison by Using a Novel Abstract Tree
  　

• 唐宜靖    (2009/06)
  利用標籤單核?酸搜尋法尋找在人類基因序列上的易感受位置
  A Tag SNP Selection Approach for Finding Susceptibility Loci
  

• 吳季諺    (2010/06)
  尋找癭瘤樹上最長遞增子序列之演算法
  An algorithm for computing longest increasing subsequences on galled trees
  

• 吳安迪    (2011/06)
  一個研究果蠅睡眠現象的分析工具
  A tool for analyzing sleep phenomena of fruit flies
  

• 張喬幃    (2011/06)
  在詢問模式下尋找最長共同子序列問題
  The longest common subsequence problem in the query-answer setting
  

• 吳承育    (2012/08)
  三序列之最長共同子序列問題
  The longest common subsequence problem for three sequences