生物計算課程資訊

1. 課程代號：210103
2. 課程名稱（中文）：生物計算
   課程名稱（英文）：Computational Biology
3. 授課教師：黃光璿 (HUANG, Guan-Shieng)
4. 開授年級：研究生與大學部三年級以上同學
5. 學分數：3
6. 授課時數：3 小時（1fgh, 星期一下午 2:00 ~ 5:00）科三 119
7. 先修課程：演算法
8. 課程目標：介紹生物資訊的基本概念與相關演算法
9. 評量方式：期中考試 30%，平時成績（包含約五次程式作業）70%
10. 主要教科書：
    Fundamental Concepts of Bioinformatics, by Dan E. Krane and Michael L. Raymer, Benjamin/Cummings, 2003. （歐亞書局代理, 02-8912-1188）
11. 重要參考書籍：
    1. Lecture notes of Prof. R. C. T. Lee, National Chi Nan University.
    2. Lecture notes of Ron Shamir, Tel Aviv University School of Computer Science.
    3. Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology, by Dan Gusfield, Cambridge, 1997.
    4. Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach, P. A. Pevzner, MIT Press, 2000. （藝軒代理）
    5. Bioinformatics, by David W. Mount, 2001. （藝軒代理）
    6. Biochemistry, by J. M. Berg, J. L. Tymoczko, and L. Stryer, Fith Edition, 2001. （藝軒代理）
    7. Biology, by Sylvia S. Mader, 8th edition, McGraw-Hill, 2003.
    8. BLAST, by I. Korf, M. Yandell, J. Bedell, O'Reilly & Associates, 2003. （天瓏代理）
    9. DNA的14堂課, by Karl Drlica, 1996, 周業仁翻譯, 天下文化, 2002 翻譯.
12. 課程綱要：
    1. Introduction --- Molecular Biology and Biological Chemistry
    2. Data Search and Pairwise Alignments
    3. Substitution Patterns
    4. Distance-Based Methods of Phylogenetics
    5. Character-Based Methods of Phylogenetic
    6. Genomics and Gene Recognition
    7. Protein and RNA Structure Prediction
    8. Proteomics
13. 教學進度：依同學實際接受情形調整