生物計算課程資訊

1. 課程代號：資工所 210071
2. 課程名稱（中文）：生物計算
3. 課程名稱（英文）：Computational Biology
4. 授課教師：黃光璿 (HUANG, Guan-Shieng)
5. 開授年級：研究生與大學部三年級以上同學
6. 學分數：3
7. 授課時數：3 小時（1bcd, 星期一早上 9:10~12:00, 科三119）
8. 先修課程：演算法
9. 課程目標：介紹生物資訊的基本概念與相關演算法
10. 評量方式： 第一節上課時宣布
11. 主要教科書：
    An Introduction to Bioinformatics Algorithms, by N. C. Jones and P. A. Pevzner, MIT Press, 2004, ISBN-13: 978-0262101066. （開發書局代理, 02-8242-3988）
12. 重要參考書籍：
    1. Lecture notes by Prof. R. C. T. Lee, National Chi Nan University.
    2. Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology, by Dan Gusfield, Cambridge, 1997, ISBN-13: 978-0521585194.
    3. Fundamental Concepts of Bioinformatics, by Dan E. Krane and Michael L. Raymer, Benjamin/Cummings, 2003, ISBN-13: 978-0805346336. （歐亞書局代理, 02-8912-1188）
    4. BLAST, by I. Korf, M. Yandell, J. Bedell, O'Reilly & Associates, 2003, ISBN-13: 978-1600330315. （天瓏代理）
13. 課程綱要：
    1. Review of algorithms and complexity
    2. Molecular biology primer
    3. Exhaustive search
    4. Dynamic programming algorithms
    5. Divide-and-conquer algorithms
    6. Graph algorithms
    7. Combinatorial pattern matching
    8. Clustering and trees
    9. Hidden Markov models
    10. Randomized algorithms
14. 教學進度：依同學實際接受情形調整