生物計算課程資訊

1. 課程代號：資工所 210103, 生醫所 275033
2. 課程名稱（中文）：生物計算
   課程名稱（英文）：Computational Biology
3. 授課教師：黃光璿 (HUANG, Guan-Shieng)
4. 開授年級：研究生與大學部三年級以上同學
5. 學分數：3
6. 授課時數：3 小時    1fgh 星期一下午 2:00~5:00
7. 先修課程：演算法
8. 課程目標：介紹生物資訊的基本概念與相關演算法
9. 評量方式：
10. 主要教科書：
    An Introduction to Bioinformatics Algorithms,  by N. C. Jones and P. A. Pevzner, MIT Press, 2004. （ 開發書局代理, 02-8242-3988）
11. 重要參考書籍：
    1. Lecture notes of Prof. R. C. T. Lee, National Chi Nan University.
    2. Lecture notes of Ron Shamir, Tel Aviv University School of Computer Science.
    3. Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology, by Dan Gusfield, Cambridge, 1997.
    4. Fundamental Concepts of Bioinformatics, by Dan E. Krane and Michael L. Raymer, Benjamin/Cummings, 2003. （歐亞書局代理, 02-8912-1188）
    5. Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach, P. A. Pevzner, MIT Press, 2000. （藝軒代理）
    6. Bioinformatics, by David W. Mount, 2001. （藝軒代理）
    7. Biochemistry, by J. M. Berg, J. L. Tymoczko, and L. Stryer, Fith Edition, 2001. （藝軒代理）
    8. BLAST, by I. Korf, M. Yandell, J. Bedell, O'Reilly & Associates, 2003. （天瓏代理）
12. 課程綱要：
    1. Review of algorithms and complexity
    2. Molecular biology primer
    3. Exhaustive search
    4. Dynamic programming algorithms
    5. Divide-and-conquer algorithms
    6. Graph algorithms
    7. Combinatorial pattern matching
    8. Clustering and trees
    9. Hidden Markov models
    10. Randomized algorithms
13. 教學進度：依同學實際接受情形調整